Việc sử dụng thuốc ngủ trong thời gian dài có thể gây thêm nhiều vấn đề hơn so với tác dụng. Thuốc kháng histamine có thể khiến bạn gà gật vào hôm sau, và sử dụng chúng quá thường xuyên có thể gây đãng trí và đau đầu. Thuốc ngủ kê đơn không giống loại thuốc có nguồn gốc tự nhiên, vì chúng làm giảm thời lượng ngủ REM và ngủ sâu phục hồi cơ thể. Thêm vào đó, gần như mọi loại thuốc ngủ kê đơn đều có nguy cơ gây phụ thuộc và các triệu chứng cai thuốc, vì vậy việc sử dụng thuốc phải có sự giám sát chặt chẽ của chuyên gia y tế.

Thuốc ngủ có thể hữu ích cho các vấn đề ngắn hạn như hồi phục sau một ca phẫu thuật, nhưng hầu hết các vấn đề giấc ngủ đều có các chiến lược tốt hơn về lâu dài, như CBTI, vệ sinh giấc ngủ tốt hoặc các kỹ thuật thư giãn. Luôn hỏi ý kiến bác sĩ trước khi sử dụng bất kỳ liệu trình thuốc ngủ nào, ngay cả các thuốc không kê đơn.